Существующие методики ПЦР определяют другие виды дерматофитов, более актуальные для стоп и нотгей, они из рода Trichophyton. Это видоспецифичный метод, а не на все грибы сразу. Инфекции разные, и то, какой вид грибка поразил ногти, нельзя сказать без посева, раз ПЦР отрицательна (хотя это бывает редко, в 5-10% случаев). У Вас нашли очень редкий вид гриба, который в последние годы в Москве обычно выделяется всего несколько раз в год. Более того, если какой-то метод и ошибочный, то скорее, всего, это не ПЦР, а посев. Не совсем понятно, зачем определяли чувствительность E. floccosum к антимикотикам - устойчивости практически не бывает. Микоз ногтей вряд ли вылечится наружными средствами в Вашем случае, поэтому лучше лечиться под наблюдением врача, по его назначению. Бесконтрольный прием антимикотиков внутрь мы категорически не рекомендуем, в т.ч. по Вашей схеме. Вы не указали, исследовали ли ногти микроскопией или посевом, если брали только ПЦР и она отрицательна - то диагноза онихомикоз пока нет.